Самое раннее упоминание о селении Крайск, как собственности детей Юрия Зеновича, относится к 1523 года.   В 1590 г. село и имение Крайск (22 усадьбы, 55 мещан, православная церковь, мельница) принадлежал витебскому воеводе Юрию Насиловскому и его жене Ядвиге. Согласно «Инвентарю местечка и имения Крайск Минского воеводства» от 10 июля 1593 г., «при том местечку Крайском церковъ руска, попъ при той церкви, звон, клепадло, кгрунты ку той церкви належачие зыншими паны участники, в которой церкви и в кгрунтех третяя част». Существовал в Крайске и монастырь. 18 января 1718 года настоятели православных монастырей в Литве, в том числе и Крайского, подали царю Петру I прошение, в котором просили его защиты от притеснений католиков. Древний деревянный храм во имя святителя Николая в Крайске существовал уже в 1745 г. «Клировые ведомости» за 1814 год свидетельствуют, что церковь деревянная, неизвестно когда построена, земли издавна принадлежат церкви.

По «Клировым ведомостям» за 1840 г. церковь была неотапливаемой, с пристроенной к ней колокольней. В колокольне большой колокол разбит насквозь в высоту. Внутри церковь не покрашена. Пол и потолок церкви, включая алтарь, требует исправления, также во время дождя бывает течь через крышу и потолок, а в метель навевает через крышу снег. В притворе и пономарке полов и потолка нет. По ветхости церковь поправлена в 1840 году. Утварью не совсем достаточна. Не имеется плащаницы, а также из книг, кроме служебника, требника, Евангелия, Апостола и молебных песнопений, прочих богослужебных книг нет. Жилой священнический дом находился на церковной земле совсем ветхий, как и все при нём постройки. А для причта ничего нет. Никаких зданий к церкви не принадлежало. Церковной земли 43 десятины. Приписные церкви: в с. Гриневичи – каменная церковь, требующая оштукатурки стен, исправления окон, новой крыши, подлога и потолка, расстояние от приходской Крайской церкви 3 версты; в с. Деревно – деревянная церковь, в 5 верстах; в с. Осинцы – деревянная ветхая, в 4 верстах; в с. Затеменье – деревянная ветхая, в 9 верстах; в с. Двиноса – деревянная, в 13 верстах. При них, кроме Гриневичской, находятся кладбища. Иконостасы во всех церквях устроены. Богослужения совершались в них по просьбе прихожан. Земель, капиталов и утвари не имели. Для совершения богослужения утварь и облачения доставлялись из самостоятельной Крайской церкви.

В 1874 г. за счет государственной казны построена новая каменная церковь с коло­кольней. Освящена 16/29 октября 1877 г.Храм начали строить при настоятеле прихода священнике Василии Чулкове, умершего 25 ноября 1876 г. 4 января 1877 г. настоятелем назначен священник Алексий Бирюкович. В 1897 году он на кладбище построил на свои средства церковь в честь святителя Алексия, митрополита Московского и всея Руси чудотворца, над местом погребения своего отца - заштатного священника Княгининской церкви Вилейского уезда Михаила Бирюковича. 30 июля 1898 г. каменная церковь освящена.

Епископ Ковенский Михаил (Ермаков), викарий Литовской и Виленской епархии, в отчете за 1902 г. пишет: «По своему благоустройству и благолепию обращают на себя внимание в селении Крайск приходская каменная церковь, и в особенности кладбищенская, тоже каменная, находящаяся недалеко от села. Последняя отделана и снабжена всем необходимым, главным образом, на личные средства самого священника Алексия Бирюковича. Эта церковь по своему изящному и довольно богатому убранству могла бы занять не последнее место даже в столице. Из приходских кладбищ, виденных мною, обращает на себя внимание своим благоустройством крайское. Оно обнесено высоким забором. Могилы, кресты на них и памятники заботливо поддерживаются в порядке. Крайская приходская церковь Свято-Николаевская церковь малопоместительна. Настоятель церкви пастырь достойный, деятельный, хороший проповедник, аккуратен в исполнении своих обязанностей. Пользуется любовью и доверием прихожан. Сам весьма скромен: о себе говорить и писать не любит».

1 июля 1909 г. священник Алексий скончался от осложнений стенокардии. Он был положен рядом со своим отцом под спудом в Свято-Алексиевской церкви.

Настоятелем прихода с 15 июля 1909 г. стал священник Михаил Павлович Бирюкович. По завету своего предшественника он был добросовестным пастырем, заботился о церквах прихода. В 1914 г. возведен в сан протоиерея архиепископом Литовским и Виленским Тихоном (Белавиным), будущим Патриархом, ныне угодником Божиим.

С 1890-х до 1917 гг. крайский приход был одним из двух самых многочисленных приходов Литовской и Виленской епархии. В 1896 г. приход насчитывал 4500 прихожан, в 1916 г. - 5314 душ, при этом было много призвано на фронт. До 1914 г. в приходе имелись две церковно-приходские и одна двухклассная министерская школы, пять народных одноклассных училищ, пять школ грамоты. Существовало церковно-приходское попечительство. Прихожане выделялись усердием жертвования на ремонт и благоукрашение своего храма.

В начале ХХ века в крайском приходе были кладбищенские приписные церкви: в м. Крайск Свято-Алексиевская; в с. Затеменье в честь праведной Елисаветы, деревянная, построена в 1866 г.; в с. Двиноса в честь Покрова Пресвятой Богородицы, деревянная, обновлена в 1912 г.; в с. Осинцы – развалена; в с. Деревно – полуразвалена, службы не совершались. В крайский приход входили также деревни Буденичи, Боброво, Глубочаны, Габаево, Ганорово, Дунаи, Драки Елевщизна, Задроздье, Заполье, Красное, Коренёво, Лесники, Посадец, Полоса, Репыще, Сачивки, Стрыя, Рагозино.

В 1919 г. по благословению митрополита Литовского и Виленского Елевферия (Богоявленского) в Крайск прибыл служить священник Феодор Степанович Шипица. В 1919 г. местечко Крайск и 2/3 территории прихода вошли в состав БССР. В 1932 г., опасаясь преследований, о. Феодор с семьей тайно перешел польско-советскую границу, которая проходила сразу же за Крайском, добрался до г. Вильно и был принят в клир. После закрытия церкви жизнь прихожан стала очень тяжелой.

В начале войны 1941 г. по благословению Экзарха Прибалтики митрополита Сергия (Воскресенского) на вновь открывшийся Крайский приход из Вильнюса прибыл служить протоиерей Александр Ковш. В 1930-х гг. он был известен своей жертвенной и неутомимой деятельностью против полонизации церковно-приходской жизни в период оккупации поляками части Литвы и Западной Белоруссии.

Во время Великой Отечественной войны о. Александр, чем мог, помогал партизанам. Чтобы спасти евреев, крестил их и выдавал справки, что они христиане. В марте 1942 г. во время Божественной литургии в Плещеницах по доносу он был арестован гитлеровцами, брошен в тюрьму СД в Минске, а затем расстрелян.

С апреля 1942 г. в крайский приход приезжали на телеге из поселка Илия служить ​священник Анатолий Гандарович и псаломщик Анатолий Завадский. Последняя литургия в храме совершена в праздник Пасхи 25 апреля 1943 г. Гитлеровцы, зная, что в эту ночь в православных храмах идет служба, с целью пленения и угона в Германию молодежи решили совершить нападение на Крайск. Но об этом стало известно партизанам. Завязался бой, во время которого сильно пострадала церковь. Отца Анатолия фашисты увезли с собой, что на многие десятилетия посеяло плевелы подозрения в душах местных жителей. После войны в 1946 г. по сфабрикованному обвинению о. Анатолий был осужден на 10 лет зак­лючения, пять лет из которых он провел в Кузбасслаге, был досрочно освобожден. Вернувшись, вплоть до кончины в 1985 г. служил на приходе в Могилевской области.

После войны в 1947 г. власти разрешили открыть кладбищенскую Свято-Алексиевскую церковь, запретив при этом делать ремонт. Церковь переименовали в Свято-Николаевскую, поскольку обгоревшую приходскую церковь в центре Крайска не отдали верующим. С  1947 г. настоятелем крайского прихода был
священник Михаил Парфенович Соболько из д. Дрила, которому было более 50-ти лет. Посещать церковь можно было только пожилым людям. На школьников, которые приходили на богослужения, рисовали карикатуры в школьных стенгазетах, вызывали их родителей, угрожали исключить из школы. В 1962 г. закрыли кладбищенскую церковь, превратив в склад, а священника отправили на пенсию. В 1968 г. в этой церкви сделали зернохранилище, а после осквернения могил священников Михаила и Алексия Бирюковичей в 1969 г. стали завозить ядохимикаты. Здание храма постепенно разрушалось, а старинное кладбище с захоронениями начала XIX века было разбито.

В послевоенное время Свято-Николаевскую церковь в течение 20 лет использовали как конюшню, а в 1966 г. устроили клуб. Во время сноса колокольни возле храма несколько пожилых верующих христианок стояли на коленях с хлебом
и солью и умоляли глумителей не разушать церковь. Председатель колхоза, оттолкнув ногой одну из женщин, отдал приказ.

На торжественное открытие клуба пригласили местного кузнеца. Разрезав ленточку, он, приплясывая, направился к дверям церкви, превращенной в клуб. Суждено было этому человеку «плясать» до конца жизни: болезнь так трясла его, что он не мог поднести ко рту пищу…

В конце 1980-х гг. духовная жизнь прихода стала постепенно возрождаться. Свято-Алексиевская церковь была очищена от ядохимикатов. Осенью 1993 г. на крайский приход назначен священник Вячеслав Юхнович. В июне 1994 г. им и благочинным Логойского церковного округа протоиереем Владимиром Зимницким обретены мощи священников Михаила и Алексия Бирюковичей, частично нетленные, и положены под спуд в кладбищенской церкви.

28 июня 1995 г. молодой священник Сергий Подольский направлен в Крайск настоятелем Свято-Николаевского прихода. Ожидали его горстка старушек-прихожанок, две церкви: разрушенные, без куполов и недействующие. Возрождение и становление крайского прихода проходило при духовной поддержке и по благословению старца протоиерея Николая Гурьянова, к которому отец Сергий ездил с 1993 по 2000 гг. С верой и надеждой, уповая на помощь Божию и святых Его угодников, приступил священник и его помощники — ​родственники, друзья, немногие верующие из окрестных деревень — ​к восстановлению храмовых зданий. В августе 1995 г. произведен капитальный ремонт Свято-Алексиев­ской церкви, и 22 октября того же года Высокопреосвященнейший митрополит Минский и Слуцкий Филарет, Патриарший Экзарх всея Беларуси, освятил храм. Правящий архиерей посетил приход также 13 июля 1997 г., в год столетия со времени основания Свято-Алексиевской церкви. 24 июля того же года на заседании в Логойском райисполкоме юридически закрепили за православной общиной приходскую Свято-Николаевскую церковь, в которой 29 августа 1999 г. совершили первую Божественную литургию. По благословению старца протоиерея Николая Гурьянова и митрополита Филарета в марте 1999 г. о. Сергий извлек останки почившего священника Алексия и его отца Михаила из гробницы. Место и способ захоронения отразились на сохранности и целостности тел. Ныне мощи священнослужителей по­коятся в деревянном гробу в восстановленной Свято-Алексиевской церкви.

29 октября 2000 г. митрополит Минский и Слуцкий Филарет, Патриарший Экзарх всея Беларуси, освятил вновь отстроенный храм в честь святых святителя Николая Чудотворца и Царственных Страстотерпцев Императора Николая II, Императрицы Александры, Царевича Алексия, Великих Княжен Ольги, Татианы, Марии, Анастасии. Отец Сергий ведет дневник, в котором отмечается помощь Царственных мучеников лично настоятелю и приходу.

В июне 2008 г. по благословению митрополита Минского и Слуцкого Филарета, Патриаршего Экзарха всея Беларуси, благодаря священнику Сергию Подольскому на храмовой территории установлен единственный в Беларуси бюст последнего российского императора Николая II. Автор его — ​Владимир Зеленко, скульптор из России. Установку памятника приурочили к 90-летию убийства царской семьи. Под скульптурой разместили надпись: «Святой Царь Мученик Николай II. Этот бюст — ​наша благодарность святым Царственным Мученикам за многолетнюю небесную помощь нам, верующим-христианам, и нашему православному крайскому приходу».

Настоятели прихода:

священник Иаков Семенович Киприанович (1842–1858);

священник Василий Евфимович Чулков (02.02.1858–25.11.1876);

священник Алексий Михайлович Бирюкович (04.01.1877–03.07.1909);

протоиерей Михаил Павлович Бирюкович (15.07.1909–1919);

протоиерей Феодор Степанович Шипица (1919–1932);

священник Александр Стефанович Ковш (1941–1942);

протоиерей Анатолий Антонович Гандарович (1942–1943);

священник Михаил Парфёнович Соболько (1947–1962);

протоиерей Вячеслав Казимирович Юхнович (05.1994–1995);

священник Сергий Борисович Подольский (28.06.1995-настоящее время).